Pomysł utworzenia muzeum prezentującego dorobek i wkład luteran w rozwój Śląska Cieszyńskiego był w środowisku cieszyńskich ewangelików obecny od przynajmniej kilkunastu lat. Dyskusje w tej sprawie prowadzono co najmniej kilkakrotnie. Między innymi w 1994 roku, na jednym z zebrań Rady Parafialnej cieszyńskiej parafii, rozpatrywano wniosek dotyczący możliwości utworzenia muzeum pietyzmu. Podobne rozważania były podejmowane przez cieszyński Oddział Polskiego Towarzystwa Ewangelickiego. Ostatecznie do realizacji i uruchomienia stałej placówki muzealnej nie doszło, a jedną z głównych przeszkód był brak funduszy.
Mimo trudności, w murach kościoła Jezusowego, organizowano wystawy czasowe, prezentujące głównie zbiory Biblioteki im. Tschammera, a także osób prywatnych. Ekspozycja zorganizowana w 1994 roku pt. Życie i twórczość prof. Karola Hławiczki opierała się na zbiorach prywatnych, kolejne przedstawiały już zasób Parafii. W 1998 roku pokazano ekspozycję pt. Uroda dawnej książki. Zbiory Biblioteki Tschammera w fotografii, a w 2003 roku Sceny z życia Jezusa Chrystusa. Obecnie w samym kościele znajdują się dwie galeryjki stałe. Pierwsza z nich, umieszczona w zakrystii, to galeria portretów księży służących w cieszyńskiej parafii, druga prezentowana na parterze, w przedniej części lewej nawy, przedstawia „leśne kościoły”, w których odbywały się tajne ewangelickie nabożeństwa w okresie kontrreformacji.
Wystawy organizowano także poza siedzibą parafii. W 1997 roku w auli Liceum Ogólnokształcącego Towarzystwa Ewangelickiego, zaprezentowano ekspozycję poświęconą historii gimnazjum ewangelickiego w Cieszynie, a w 1998 roku w ówczesnej galerii Książnicy Cieszyńskiej, mieszczącej się wówczas przy ul. Rynek 18, zorganizowano wystawę pt. Dzieła wybitnych drukarzy XVI i XVII w. w zbiorach Biblioteki im. Tschammera.
Zbiory Parafii były często wypożyczane i prezentowane na różnego rodzaju ekspozycjach organizowanych przez instytucje kulturalno-oświatowe w kraju i poza jego granicami, między innymi w 1988 roku na wystawę pt. Drogi i święty skarb, przygotowaną przez Oddział Zabytkowy Biblioteki Miejskiej w Cieszynie i do Muzeum Śląska Cieszyńskiego na ekspozycję pt. Cieszyn w okresie renesansu i reformacji. Jednak na przestrzeni lat najwięcej materiałów należących do Biblioteki im. Tschammera eksponowano na wystawach przygotowywanych przez Książnicę Cieszyńską. Były to między innymi Zabytkowe biblioteki Cieszyna (1996), Dawna książka flamandzka. Antwerpska oficyna Krzysztofa Plantina (1997), Cieszyńscy nauczyciele (1999), Cieszyńskie rody. Michejdowie (2003) i Szlachta księstwa cieszyńskiego. Tajemnice warsztatu genealoga i heraldyka (2004). W 2000 roku parafialne eksponaty trafiły na wystawę pt. Świat bielskich ewangelików zorganizowaną przez Muzeum Okręgowe w Bielsku-Białej, zaś w 2007 roku do Muzeum Śląska w Görlitz na ekspozycję pt. Droga do tolerancji. 300 rocznica ugody altransztadzkiej.
Na wielu wymienionych wyżej wystawach eksponowane były przede wszystkim książki z Biblioteki im. Tschammera. Zasób archiwum udostępniano sporadycznie z powodu braku ewidencji i wymieszania zasobu archiwalnego. Podobna sytuacja miała miejsce także w przypadku eksponatów muzealnych, które prezentowano niezwykle rzadko. Było to spowodowane tym, że nie miały one swojego stałego miejsca przechowywania, często znajdowały się w różnych zakamarkach kościoła i innych budynkach parafialnych, a także w bibliotece i archiwum. Brakowało również odpowiednio wyposażonej galerii gdzie mogłyby być udostępniane. Wprawdzie w ostatnich latach niektóre z nich były gromadzone w kaplicy chrzcielnej kościoła Jezusowego i tam sporadycznie prezentowane, nie było to jednak odpowiednie pomieszczenie, które mogłoby przez dłuższy czas spełniać rolę sali ekspozycyjnej. Z tego powodu niektóre obiekty były całkowicie zapomniane i zaniedbane. Nie były również w pełni skatalogowane. Ich ewidencja opierała się na stworzonym w 1969 i 1972 roku fragmentarycznym katalogu zabytków, który składał się jedynie z 46 kart opisujących również wystrój i architekturę samego kościoła Jezusowego. Ostatnia karta z tego rejestru pochodziła z 1999 roku.
Dopiero w 2004 roku, w związku z przygotowywaniem wniosku o dofinansowanie projektu Ochrona i konserwacja cieszyńskiego dziedzictwa piśmienniczego, powrócono do planów związanych z utworzeniem w parafii stałej placówki muzealnej. Początkowo zamierzano powołać profesjonalną instytucję naukową pod nazwą Muzeum Protestantyzmu, która miała sprawować opiekę nad wszystkimi zbiorami historycznymi, a więc bibliotecznymi, archiwalnymi i muzealnymi należącymi do cieszyńskiej parafii. Ostatecznie ze względu na to, że zbiory biblioteczne i archiwalne funkcjonowały już w środowisku naukowym jako Biblioteka im. Tschammera, zadecydowano o utworzeniu dwóch osobnych instytucji, z których pierwsza pod nazwą Biblioteka i Archiwum im. Tschammera zajmuje się gromadzeniem, opracowaniem i udostępnianiem zbiorów bibliotecznych i archiwalnych, druga pod nazwą Muzeum Protestantyzmu sprawuje opiekę nad zbiorami muzealnymi.
Utworzenie drugiego w Polsce (po Mikołajkach na Mazurach) Muzeum poświęconego historii ewangelicyzmu stało się możliwe dzięki finansowemu wsparciu udzielonemu ze środków Mechanizmu Finansowego Europejskiego Obszaru Gospodarczego, w związku z realizacją projektu Ochrona i konserwacja cieszyńskiego dziedzictwa piśmienniczego, do którego parafia przystąpiła w kwietniu 2007 roku. Dzięki niemu jeszcze w tym samym roku na drugiej emporze w lewej nawie kościoła Jezusowego wykonano najpierw prace adaptacyjne i remontowe, mające na celu przygotowanie trzech sal muzealnych, następnie zakupiono do nich urządzenia pozwalające na utrzymywanie stabilnych warunków klimatycznych, a w grudniu 2008 roku wyposażono je w profesjonalny sprzęt wystawienniczy. Nie bez powodu wybrano kościół Jezusowy na siedzibę nowego Muzeum. Jest to bowiem nie tylko piękny zabytek i największa luterańska świątynia w Europie Środkowo-Wschodniej, ale także miejsce z bogatą historią. Kościół Jezusowy wzniesiony został za zgodą cesarza Józefa I. i do czasu wydania patentu tolerancyjnego przez cesarza Józefa II w 1781 roku, był jedyną ewangelicką świątynią w księstwie cieszyńskim i daleko poza jego granicami. Dlatego w ciągu lat udało się w nim zgromadzić bogate zbiory dokumentujące dzieje protestantów na Śląsku Cieszyńskim. W skład zasobu Muzeum wchodzą kolekcje obrazów, naczyń liturgicznych, antepediów ołtarzowych, zabytkowych szaf, przedmiotów życia codziennego zboru i parafii oraz pamiątki związane kościołem Jezusowym.
Oficjalne otwarcie Muzeum Protestantyzmu, zajmującego się prezentacją życia duchowego oraz kultury materialnej cieszyńskiej społeczności ewangelickiej na przestrzeni dziejów, odbyło się w niedzielę 29 marca 2009 roku i było jednym z elementów obchodów jubileuszu 300-lecia wyznaczenia miejsca pod budowę cieszyńskiego kościoła Jezusowego. Zostało poprzedzone uroczystym nabożeństwem z udziałem bp Janusza Jaguckiego, zwierzchnika Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w Rzeczypospolitej Polskiej, bp Stanisława Piętaka ze Śląskiego Kościoła Ewangelickiego Augsburskiego Wyznania w Republice Czeskiej oraz bp Pawła Anweilera, zwierzchnika diecezji cieszyńskiej Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP. Uroczysta inauguracja została połączona z prezentacją wystawy stałej pod tytułem "Z dziejów luteranizmu na Śląsku Cieszyńskim". Jej autorami są Maciej Oczkowski i Marcin Gabryś, który podczas otwarcia Muzeum został przez ks. proboszcza Janusza Sikorę mianowany jego pierwszym kustoszem.
Inauguracyjna ekspozycja przedstawiona przez Muzeum Protestantyzmu ma charakter stały i ukazuje historię cieszyńskich ewangelików w układzie chronologicznym. Wystawione na niej książki i rękopisy pochodzą ze zbiorów Biblioteki i Archiwum im. Tschammera, a eksponaty muzealne z Muzeum Protestantyzmu lub z depozytów. Pierwsza sala prezentuje dzieje luteran od wprowadzenia przez księcia Wacława III Adama w połowie XVI wieku wyznania augsburskiego, jako dominującego w księstwie cieszyńskim, poprzez okres kontrreformacji w XVII wieku, aż do momentu wyznaczenia w 1709 roku w Cieszynie miejsca pod budowę kościoła Jezusowego. Ekspozycję rozpoczynają dokumenty związane z początkami Kościoła wyznania augsburskiego w księstwie cieszyńskim, a mianowicie odpis pierwszego znanego Porządku kościelnego Wacława III Adama z 1568 roku, który został wydany w celu utwierdzenia wyznania augsburskiego na tym terenie, a jednocześnie stanowił agendę kościelną ujednolicającą sprawy liturgiczne i obrzędowe. Obok zobaczyć można odpis następnego Porządku kościelnego, poszerzonego o Porządek szkolny, który został wydany już po śmierci księcia Wacława III Adama przez jego żonę Katarzynę Sydonię w 1584 roku. Z dzieł czytanych w okresie kontrreformacji na uwagę zasługują dwie edycje polskiej Biblii Gdańskiej z 1632 i 1660 roku, czeska Biblia Kralická z 1613 roku, a także rękopiśmienna postylla ks. Jana Pragenusa z połowy XVII wieku i postylla Samuela Dambrowskiego. Oprócz Biblii uwagę zwracają kancjonały (śpiewniki), np. Cithara sanctorum ks. Jerzego Trzanowskiego. Książki te stanowiły źródło pozwalające ewangelikom na zachowanie swojej tożsamości wyznaniowej w okresie prześladowań religijnych. Unikatowym eksponatem jest także wykonane w formie orła habsburskiego zwieńczenie „laski łaski” z wizerunkiem cesarza Józefa I Habsburga, którą wysłannik cesarza, hrabia Jerzy Ludwik Zinzendorf 24 maja 1709 roku, wyznaczył miejsce pod budowę kościoła Jezusowego.
Następny dział obejmują muzealia związane z budową tegoż kościoła oraz szkoły ewangelickiej przy nim działającej, a także przedmioty związane z życiem religijnym zboru. Do najstarszych i najciekawszych w tej części wystawy obiektów należy dokument pergaminowy opisujący historię budowy kościoła Jezusowego, spisany po łacinie na uroczystość zakończenia budowy wieży kościoła w 1750 roku przez ówczesnego pastora i inspektora szkolnego Jana Gotfryda Schuchardta. W dalszej części wystawy możemy zobaczyć oryginalny, wykonany w Brzegu, 5 kilogramowy zamek z drzwi kościoła z okresu jego budowy oraz kolekcję naczyń liturgicznych z najstarszym zachowanym kielichem komunijnym z 1712 roku, ufundowanym przez hrabiego Juliusza Bogumiła Sunnegka z Jesenic.
Są tu także zabytkowe formy do opłatków i tzw. szulek wigilijnych, które kiedyś wypiekano w okresie świąt Bożego Narodzenia w prawie każdym ewangelickim domu. Jest to typowo regionalny specjał, nieznany poza Śląskiem Cieszyńskim. Wykonywany jest z mąki, jajka, miodu, cukru, masła, mleka, cynamonu i pieczony przy pomocy rozgrzewanej w piecu, specjalnej formy w kształcie szczypiec. Upieczone wafelki są zwijane, po cieszyńsku „szulane” w rurki za pomocą patyczka, a potem stają się nieodłącznym elementem wigilijnego stołu.
Ważne miejsce na wystawie zajmują także dokumenty związane z historią działającej w XVIII i XIX wieku szkoły ewangelickiej. Znajdują się wśród nich wypracowania (Probe Schriften) w różnych językach, m.in. po polsku, niemiecku i łacinie, w których uczniowie prezentowali swoje postępy i osiągnięcia w nauce oraz dzienniczki uczniów (Receptionisbuch) z wpisami nauczycieli charakteryzującymi swoich podopiecznych. Opinie te były niekiedy bardzo przychylne, czego przykładem może być cytowana poniżej ocena sporządzona przez nauczyciela Jana Gotfryda Kotschego „Jest zawsze pilny i posłuszny i uczy się dobrze; tylko pisania się jeszcze słabo chwyta”. Oprócz zeszytów zawierających wypracowania i ćwiczenia z kaligrafii oraz dzienniczków uczniów są jeszcze programy i konspekty szkolne nauczycieli, a także stare przedwojenne fotografie budynków szkolnych.
Ostatnia część ekspozycji obejmuje historię kościoła Jezusowego w XIX i XX wieku. Znajdują się tu stare fotografie księży okresu międzywojennego oraz odbywających się w kościele Jezusowym okolicznościowych uroczystości. Możemy tu zobaczyć zdjęcie przedstawiające trzy dzwony kościoła Jezusowego przed ich zamontowaniem na wieży w 1922 roku oraz druk kazania, wygłoszonego z okazji ich poświęcenia przez ks. Oskara Michejdę, ówczesnego proboszcza w Trzyńcu na Zaolziu. Ciekawa jest też fotografia starych, pochodzących jeszcze z XVIII wieku organów służących zborowi do I wojny światowej. Właśnie z tego instrumentu pochodzą złocone ozdoby, umieszczone w niektórych gablotach. Są tu także wykonane przed II wojną światową pocztówki z wizerunkami kościoła i widokami Cieszyna.
Zainteresowaniem wśród zwiedzających cieszy się stojący również w ostatniej sali ekspozycyjnej fotel, na którym siedział cesarz Franciszek Józef I podczas swojego pobytu w kościele Jezusowym. Był pierwszym cesarzem, który przekroczył progi ewangelickiego kościoła w Cieszynie i to dwukrotnie w 1880 i 1906 roku, a ponadto zasłużył się ewangelikom wydając w 1861 roku „patent protestancki” zrównujący protestantów i katolików pod względem prawnym.
Na szczególną uwagę w Muzeum Protestantyzmu zasługują także Pamiętniki kościoła ewangielickiego z łaski danego przed Cieszynem, przed stema laty założonego, przy świętobliwym obchodzeniu miłościwego lata 24go Maja 1809 dla zborow ewangielickich polskich okolo Cieszyna. Jest to pierwsza drukowana historia kościoła Jezusowego, napisana przez Jerzego Fryderyka Erdmanna Klettego z Klettenhofu z okazji 100-lecia wyznaczenia miejsca pod budowę kościoła Jezusowego. Została wydana w 1809 roku w dwóch wersjach językowych. Niemiecki oryginał wyszedł spod pras Johanna Georga Gastla w Brnie, anonimowy przekład polski powstał staraniem Tomasza Prochaski w Cieszynie. Jest to pierwszy polskojęzyczny druk najstarszej cieszyńskiej oficyny drukarskiej, a zarazem jeden z najstarszych druków cieszyńskich. Obecnie znane są trzy egzemplarze polskiego tłumaczenia, z których dwa znajdują się w Bibliotece i Archiwum im. Tschammera. Druk ten rozpoczął piękną tradycję cieszyńskiej parafii, która co pięćdziesiąt lat wydaje kroniczkę upamiętniającą i opisującą kolejne lata swej działalności, a które również na tej wystawie można odnaleźć. W 2009 roku z okazji 300-lecia kościoła Jezusowego ukazał się reprint kroniczki Klettego, a książka ta wraz z innymi dziełami i pamiątkami wydanymi z tej samej okazji zamyka ekspozycję dotyczącą dziejów luteranizmu na Śląsku Cieszyńskim.
Utworzenie Muzeum Protestantyzmu pozwoliło na zebranie w jednym miejscu i zabezpieczenie eksponatów muzealnych, które obok Biblioteki i Archiwum im. Tschammera wchodzą w skład zabytkowych zbiorów Parafii Ewangelicko-Augsburskiej w Cieszynie. Dzięki trzem pięknym pomieszczeniom ekspozycyjnym, wyposażonym w sprzęty pozwalające na stworzenie eksponatom optymalnych warunków przechowywania oraz ich wyposażeniu w profesjonalny sprzęt wystawienniczy, Parafia uzyskała także możliwość udostępniania wszystkich swoich zbiorów bibliotecznych, archiwalnych i muzealnych. Z kolei Cieszyn otrzymał dodatkowy, ważny punkt na turystycznym szlaku miasta, który już w pierwszym roku swojej działalności odwiedziło ponad 2 tysiące osób z Polski i z zagranicy.